Игра не появляется в реестре, так как полностью написана на языке Java. Поэтому для ее удаления Вам необходимо перейти в папку .minecraft, что располагается в AppData и вручную удалить сначала все содержимое, а потом и саму папку.

Если не помогает, то перезагрузите компьютер или используйте CCleaner, так как во многих случаях система не дает права пользователю удалять «системные» файлы или скрытые папки, беспокоясь о целостности системы.