Наверно, Готэм не нуждался бы в Бэтмене, если бы начальство Готэма было бы наделено даром мыслить здраво. Иначе, каким образом, кроме как отсутствием этого дара, объяснить то, что преступникам, на растерзание, был отдан целый район, названый Аркхем Сити, в центре города. Более того, мэром этой преступной пародии на Ватикан был назначен доктор Стрейндж - человек с, весьма, нелднозначной репутацией.
Игра начинается с того, что люди Стрейнджа захватили Брюса Уэйна и привезли в Аркхем Сити, так сказать, "погостить". И во время "милой" беседы в комнате для допросов, Стрейндж прозрачненько намекнул Уэйну, что если Бэтмен будет мешать осуществлению проекта "Протокол 10", то все узнают о формуле "Бэтмен = Брюс Уэйн". Мало того, после благополучного побега, Бетмен умудрился заразиться смертельной болезнью. Вот и приходится бедной "мышке" крутиться, как белка в колесе, пытаясь, в одно и то же время, помешать осуществлению таинственного проекта "Протокол 10" и найти себе лекарство.